Phycocyanin ist eine charakteristische hellblaue Farbe, die orangefarbenes und rotes Licht absorbiert, insbesondere in der Nähe von 620 nm (abhängig von dem spezifischen Typ) und eine Fluoreszenz bei etwa 650 nm emittiert (auch abhängig von dem Typ). Allophycocyanin absorbiert und emittiert bei längeren Wellenlängen als Phycocyanin C oder Phycocyanin R..