Der Hauptunterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung besteht darin, dass die Kolonie-Hybridisierung die Methode ist, die bei der Auswahl von Bakterienkolonien mit den gewünschten Genen verwendet wird, während die Plaque-Hybridisierung die Auswahlmethode für Phagen mit gewünschten Genen ist.