Der Hauptunterschied zwischen autochthonen und zymogenen Bakterien besteht darin, dass autochthone Bakterien native oder einheimische Mikroorganismen sind, die unter knappen Nährstoffen wachsen und metabolisieren, während zymogene Bakterien eine Gruppe von Bakterien sind, die leicht oxidierbare organische Materialien für das Wachstum benötigen.